Επικράτηση της παραλλαγής Όμικρον στην Αττική, σε ποσοστό 87% με ταυτόχρονη σημαντική μείωση του στελέχους Δέλτα, «βλέπει» το ΕΚΠΑ το οποίο έχει αναπτύξει μια νέα μοριακή μεθοδολογία ευαίσθητης ανίχνευσης και ποσοτικού προσδιορισμού των μεταλλαγμένων στελεχών/παραλλαγών του SARS-CoV-2 σε δείγματα λυμάτων με χρήση μιας σειράς μοριακών μεθόδων και αλληλούχηση επόμενης γενιάς (Next Generation Sequencing/NGS).
Μάλιστα όπως επισημαίνεται πριν από δύο εβδομάδες το ποσοστό επικράτησης της παραλλαγής Όμικρον στην Αττική ήταν μικρότερο του 40% καθώς και η αντίστοιχη μείωση της παραλλαγής Δέλτα.
Στο Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών (ΕΚΠΑ), μέσω της συνεργασίας Ερευνητικών Μονάδων των Τμημάτων Βιολογίας, Ιατρικής και Χημείας, στο πλαίσιο έρευνας με επιστημονικό υπεύθυνο τον Καθηγητή Ανδρέα Σκορίλα και διεπιστημονική ομάδα του ΕΚΠΑ που αποτελείται από τους Νικόλαο Θωμαΐδη, Μαργαρίτη Αυγέρη, Αθηνά Μάρκου, Εύη Λιανίδου, Δημήτριο Γουργιώτη, Θεοδώρα Ψαλτοπούλου, Παναγιώτη Αδαμόπουλο, Μάριο Διαμαντόπουλο, Λάμπρο Δημητρακόπουλο, Κατερίνα Γαλάνη, Μάριο Κωστάκη, Κατερίνα Κοντού, Βασίλη Καπέ, Νικόλαο Βούλγαρη και Θάνο Δημόπουλο (Πρύτανης ΕΚΠΑ), έχει αναπτυχθεί νέα μοριακή μεθοδολογία ευαίσθητης ανίχνευσης και ποσοτικού προσδιορισμού των μεταλλαγμένων στελεχών/παραλλαγών του SARS-CoV-2 σε δείγματα λυμάτων με χρήση μιας σειράς μοριακών μεθόδων και αλληλούχηση επόμενης γενιάς (Next Generation Sequencing/NGS).
Επιτήρηση νέων παραλλαγών
Η συγκεκριμένη υπερευαίσθητη μεθοδολογία είναι ιδιαίτερα σημαντική διότι δείχνει την παρουσία και την εκατοστιαία αναλογία των μεταλλαγμένων στελεχών στο σύνολο του πληθυσμού μιας πόλης. Επιπλέον, ανιχνεύει έγκαιρα, ακόμη και από 50ml λύματος ή οποιουδήποτε περιβαλλοντικού δείγματος, νέες μεταλλάξεις και στελέχη/παραλλαγές που μόλις άρχισαν να εισέρχονται στον πληθυσμό. Με τον τρόπο αυτό γίνεται με μεγαλύτερη ευκολία και αξιοπιστία η γονιδιωματική επιτήρηση των νέων στελεχών/παραλλαγών του SARS-CoV-2, καθώς και άλλων ιών ή βακτηρίων, δίνοντας την αναγκαία πληροφόρηση για την επιδημιολογική επιτήρηση καθώς και τον ανασχεδιασμό των νέων εμβολίων και φαρμακευτικών πρωτοκόλλων. Το σχετικό άρθρο δημοσιεύτηκε στο έγκριτο διεθνές επιστημονικό περιοδικό “International Journal of Molecular Sciences”, ενώ έχει κατατεθεί από το ΕΚΠΑ αίτηση για χορήγηση Εθνικού και Διεθνών Διπλωμάτων Ευρεσιτεχνίας.
Η μεθοδολογία πληροί τις προϋποθέσεις τής από 15-3-2021 σχετικής σύστασης της Ευρωπαϊκής Επιτροπής για την κοινή προσέγγιση κατά τη δημιουργία συστηματικής επιτήρησης του SARS-CoV-2 και των παραλλαγών του στα λύματα. Επιπροσθέτως, ανιχνεύει εγκαίρως νέα στελέχη/παραλλαγές που αρχίζουν να εισέρχονται στην κοινότητα.
Τι έδειξαν τα λύματα
Με την εφαρμογή της νέας μεθοδολογίας έχει ολοκληρωθεί η ανάλυση μεταλλαγμένων στελεχών του SARS-CoV-2 σε δείγματα λυμάτων της Περιφερειακής Ενότητας Αττικής, που συλλέχθηκαν σε καθημερινή βάση κατά το διάστημα 27-12/2021 έως 1-1-2022 από το Κέντρο Επεξεργασίας Λυμάτων της Ψυττάλειας (ΚΕΛΨ). Τα συγκεκριμένα δείγματα υπεβλήθησαν σε έλεγχο ειδικών μεταλλάξεων – γενετικών δεικτών (genetic markers) ολόκληρου του γονιδίου S (Spike) (>100 γενετικοί δείκτες) για τις παραλλαγές ειδικού ενδιαφέροντος (Variants οf Concern – VOC) και τις παραλλαγές υπό διερεύνηση (Variants οf Interest – VOI).
Τα αποτελέσματα της ανάλυσης ανέδειξαν την επικράτηση, σε ποσοστό 87% με σημαντική πολυμορφία, της παραλλαγής Omicron (B.1.1.529 lineage) και την ταυτόχρονη σημαντική μείωση των αντίστοιχων γενετικών δεικτών του στελέχους Delta (B.1.617.2 lineage).
Πιο συγκεκριμένα, διαπιστώθηκε η παρουσία ειδικών μεταλλάξεων (genetic markers) του γονιδίου S (Spike) της παραλλαγής Omicron (B.1.1.529 lineage):
– στο τμήμα “receptor-binding domain/RBD” σε ποσοστό 87% (γενετικοί δείκτες: G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S)
– στο τμήμα “receptor-binding motif/RBM” σε ποσοστό 29% (γενετικοί δείκτες: S477N, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H)
– εκτός των RBD/RBM τμημάτων σε ποσοστό 45% (γενετικοί δείκτες: T547K, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F)
Ταυτόχρονα διαπιστώθηκε, για πρώτη φορά, η παρουσία δύο στελεχών της παραλλαγής Omicron, τα οποία φέρουν (συγχαρτογραφούνται) επιπλέον μεταλλάξεις, και συγκεκριμένα:
– η μετάλλαξη R346K (B.1.1.529+R346K), σε ποσοστό 27%, η οποία έχει αναφερθεί στην παραλλαγή Mu (B1.621)
– η μετάλλαξη A701V (B.1.1.529+A701V), σε ποσοστό 5%, η οποία έχει αναφερθεί στην παραλλαγή Beta (B1.351)
Συνδυασμοί διαφορετικών μεταλλάξεων
Με βάση τα ανώτερα αποτελέσματα διαπιστώνεται η επικράτηση της παραλλαγής Όμικρον στην Αττική (σε ποσοστό 87% από <40% πριν από 2 εβδομάδες) καθώς και η αντίστοιχη μείωση της παραλλαγής Δέλτα. Ταυτόχρονα, η αλληλούχηση του γονιδιώματος του ιού αναδεικνύει σημαντική μεταβλητότητα της ποσοστιαίας αναλογίας ειδικών μεταλλάξεων του γονιδίου S, που κωδικοποιεί την πρωτεΐνη Spike, υπογραμμίζοντας τη διαφορετική σημασία και βαρύτητα αυτών στη συμπεριφορά του ιού, καθώς και στον αξιόπιστο και ειδικό προσδιορισμό του. Η ανάλυση των δεδομένων της αλληλούχησης επόμενης γενιάς με την παραπάνω μέθοδο δείχνει επιπλέον ότι εκτός της μεταβλητότητας υπάρχουν και αρκετοί συνδυασμοί των διαφορετικών μεταλλάξεων του ιού, που πιθανόν να επικρατούν κάθε φορά με διαφορετική κλινική συμπεριφορά, γεγονός που απαιτεί επαγρύπνηση και πιστή εφαρμογή των μέτρων προστασίας.
Latest News
Παράδοξο κι όμως αληθινό - Γιατί οι άνω των 65 ετών εργαζόμενοι είναι οι πιο ευτυχισμένοι
Αποκαλυπτική για το πώς βλέπουν οι ηλικιωμένοι εργαζόμενοι τη θέση τους στη δουλειά είναι η νέα έκθεση του ερευνητικού κέντρου Pew
Τα «μοντέλα» της Jaguar και ο διάλογος για την «πρόκληση» στη διαφήμιση
Αίσθηση προκαλεί η τελευταία καμπάνια της αυτοκινητοβιομηχανίας Jaguar. Παρελαύνουν ανδρικά και γυναικεία μοντέλα με έντονο μακιγιάζ, αλλά δεν εμφανίζεται ούτε ένα αυτοκίνητο
Ασθενείς δύο ταχυτήτων - Τι συμβαίνει με την αξιολόγηση καινοτόμων φαρμάκωνσ την Ελλάδα
Νομικά κενά και υποστελέχωση διαπιστώνουν ΠΟΥ και Ε.Ε. ως εμπόδια στην αξιολόγηση νέων τεχνολογιών υγείας στην Ελλάδα
Πόσα έχασε ο Μάικλ Τζόρνταν πουλώντας την τεράστια έπαυλή του στο Σικάγο
Ακόμη και για είδωλα όπως ο Μάικλ Τζόρνταν δεν είναι κάθε τελευταία βολή πετυχημένη
Ποια είναι η κολομβιανή Τέιλορ Σουίφτ
Φέτος, το άλμπουμ Mañana Será Bonito της KarolG ήταν το τέταρτο σε μεταδόσεις παγκοσμίως στο Spotify
Ανησυχούν για τη συνταξιοδότηση οι Έλληνες - Μόνο το 18% δηλώνει έτοιμο
Τι αναφέρει η έρευνα της NN Hellas για τη μακροζωία - Πώς την αντιμετωπίζουν
Ολιστική αντιμετώπιση κολπικής μαρμαρυγής: Είναι νόσος και όχι αρρυθμία
Ο Δρ. Δημήτρης Τσιαχρής στο Ιατρικό Κέντρο Αθηνών μιλά για τους σοβαρούς κινδύνους που εγκυμονεί η νόσος
«Σφίγγουν το ζωνάρι» οι εργοδότες - Μειώνουν τις προσλήψεις [γραφήματα]
Η Ελλάδα κατέχει την 3η θέση παγκοσμίως για τις προθέσεις προσλήψεων του κλάδου Υπηρεσιών Επικοινωνίας, ξεπερνώντας τον παγκόσμιο μέσο όρο κατά 21 μονάδες
Έσοδα 2,1 δισ. και 10 εκατ. εισιτήρια σε 149 παραστάσεις: Τα κέρδη ρεκόρ για την Τέιλορ Σουίφτ
Η Σουίφτ ολοκλήρωσε την περιοδεία με μια τελευταία παράσταση το βράδυ της Κυριακής στο Βανκούβερ του Καναδά.
Τζον Πόλσον: «Ελλάδα, οικονομία και τράπεζες έχουν πολύ ευνοϊκό μέλλον»
Ο αμερικανός επενδυτής Τζον Πόλσον μιλώντας στο Βήμα της Κυριακής εξηγεί που εδράζει την αισιοδοξία του για την πορεία της ελληνικής οικονομίας